Balai Pemantapan Kawasan Hutan Wilayah XII Tanjungpinang merupakan pemekaran dari Balai Pemantapan Kawasan Hutan Wilayah I Medan. Pada tahun 2007 diterbitkan Peraturan Menteri Kehutanan Nomor : P.25/Menhut-II/2007, Tentang Perubahan Atas Keputusan Menteri Kehutanan Nomor : 6188/Kpts-II/2002, Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pemantapan Kawasan Hutan, yang didasari pada peningkatkan kinerja dibidang pemantapan kawasan hutan dan sistem informasi sumberdaya hutan sehingga terbentuklah BPKH Wilayah XII Tanjungpinang meliputi wilayah kerja Provinsi Kepulauan Riau dan Provinsi Riau.
Pada tahun 2013, sesuai dengan Peraturan Menteri Kehutanan P.16/Menhut- II/2013 Tentang Perubahan Ketiga Atas Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 6188/KPTS-II/2002 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Balai Pemantapan Kawasan Hutan, dibentuklah BPKH XIX Pekanbaru untuk wilayah kerja Provinsi Riau, sehingga wilayah kerja BPKH XII Tanjungpinang hanya provinsi Kepulauan Riau. Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 2022 tanggal 29 Juli 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pemantapan Kawasan Hutan dan Tata Lingkungan, BPKHTL merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang pemantapan kawasan hutan dan Tata Lingkungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Planologi Kehutanan dan Tata Lingkungan.
Melaksanakan kegiatan pengukuhan kawasan hutan, penyiapan bahan perencanaan kehutanan wilayah, penyiapan data perubahan fungsi dan peruntukan kawasan hutan, verifikasi data dan informasi sistem kajian dampak lingkungan, dan pengelolaan data dan informasi sumber daya hutan dan lingkungan.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (1) Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. 18 Tahun 2022, BPKHTL menyelenggarakan fungsi sebagai berikut :
Struktur organisasi BPKHTL terdiri atas :
Seksi Sumber Daya Hutan dan Tata Lingkungan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan monitoring, evaluasi dan penilaian penggunaan kawasan hutan; inventarisasi hutan skala nasional di wilayah; pengumpulan, pengolahan dan penyajian data dan informasi sumber daya hutan, sumber daya alam dan lingkungan hidup di bidang planologi kehutanan dan tata lingkungan; penyebarluasan informasi geospasial lingkungan hidup dan kehutanan; penyiapan dan penyajian data dan informasi perencanaan kehutanan, pengukuhan kawasan hutan, penatagunaan kawasan hutan, wilayah pengelolaan hutan, pemanfaatan hutan dan penggunaan kawasan hutan serta tata lingkungan; verifikasi data dan informasi ekoregion, jasa lingkungan hidup tinggi, dan daya dukung dan daya tampung lingkungan hidup; fasilitasi penyiapan penerapan instrumen ekonomi lingkungan hidup, dan daya dukung dan daya tampung lingkungan hidup; pendampingan dan verifikasi informasi geospasial dalam uji kelayakan lingkungan hidup daerah; dan forum bimbingan dan/atau konsultasi teknis dan penyuluhan kepada tim uji kelayakan lingkungan hidup daerah, tim validasi kajian lingkungan hidup strategis daerah, serta tim verifikasi rencana perlindungan dan pengelolaan lingkungan hidup daerah; dan diseminasi sistem kajian dampak lingkungan, ekoregion, daya dukung dan daya tampung lingkungan hidup, rencana perlindungan dan pengelolaan lingkungan hidup, dan instrumen ekonomi lingkungan hidup di daerah. Seksi Sumber Daya Hutan dan Tata Lingkungan dipimpin oleh Kepala Seksi Sumber Daya Hutan dan Tata Lingkungan.
Seksi Pengukuhan dan Perencanaan Kawasan Hutan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan penataan batas, rekonstruksi batas dan pemetaan kawasan hutan; inventarisasi dan verifikasi penguasaan tanah dalam kawasan hutan; penilaian teknis tata batas penataan batas areal kerja perizinan berusaha pemanfaatan hutan, persetujuan pengelolaan perhutanan sosial, persetujuan penggunaan kawasan hutan, persetujuan pelepasan kawasan hutan, dan penetapan kawasan hutan dengan tujuan tertentu. Seksi Pengukuhan dan Perencanaan Kawasan Hutan dipimpin oleh Kepala Seksi Pengukuhan dan Perencanaan Kawasan Hutan.
Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program, anggaran, dan pelaporan; urusan administrasi kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, dan hubungan masyarakat; advokasi hukum; dan pengelolaan data dan informasi. Sub bagian Tata Usaha dipimpin oleh Kasubag TU.